En fait, pour les partisans de la seconde conception, dite "à complexité intégrée", lorsque l'on modifie un gène d'un organisme, on ne fait pas que modifier un de ses caractères. En effet, la génétique moléculaire a récemment démontré que les gènes avaient souvent plusieurs fonctions, régulées de manière "corélée et complexe, voire innatendue" et même que le loci d'un gène pouvait avoir grande influence sur son expression dans le temps et l'espace (lieu d'action de la protéine synthétisée).
Pour ces derniers, l'OGM n'est pas une variété de l'organisme d'origine mais est en fait un nouvel organisme à part entière et comme ses effets à long terme sont inconnus, il faut réellement qu'ils soient mis a part et présentés dans la distribution tels qu'ils sont réellement tant que leurs effets restent méconnus. Ils veulent que les tests de sécurités soient plus poussés avec des tests grandeur nature sur des populations, aussi bien de rongeurs que de non-rongeurs que de mammifères et en faisant des bilans complets (poids, bilan sanguin...).